След правителството на Томе де Соуса, Португалия се сблъска със сериозен проблем в Рио де Жанейро. Нашествието на французите и техният съюз с индианците от региона взеха значителен дял, превръщайки се в заплаха за португалското управление. Основното постижение на третия генерал-губернатор на Бразилия, Мем де Са, беше именно изгонването на французите и овладяването на ситуацията.
Mem de Sá пое управлението на колонията през 1558 г. и продължи да управлява в продължение на 15 години. Първото нещо, което направи, беше да заобиколи френската инвазия. При първата атака Мем де Са успява да унищожи крепостта Колиньи, но това не е достатъчно, за да спечели спора. Така на 1 март 1565 г. племенникът на Mem de Sá, Estácio de Sá, основава град São Sebastião, който се превръща в база за операции в борбата срещу французите. Резултатът от делото се случи само с помощта на войски от губернатора и от района на Сао Висенте и от индианците Temiminos от Еспирито Санто, където беше възможно окончателно експулсиране на чужденците.
През 1563 г. йезуитите Хосе дьо Анчиета и Мануел дьо Нобрега успяват да установят мир между индианците Тамойо и португалците, т. Нар. Paz de Iperoig. Краят на конфликта между индианците Тамойо и португалците е бил важен, за да позволи оцеляването на Колегио де Сао Пауло и постоянството на колонизаторите в региона.
Въпреки че Мем де Са е живял със сериозни проблеми, като глад и едра шарка в Баия, правителството му е белязано от относителния мир и просперитет. През 1572 г. Мем де Са решава да напусне генералното правителство и да се върне в Португалия. През същата година той умира. След смъртта му Бразилия е разделена на две правителства: Северно със седалище в Салвадор и Южно със седалище в Рио де Жанейро.
Виж повече!:
Правителство на Томе де Соуза
Правителство на Дуарте да Коста
