หมู่เกาะมักเป็นสถานที่ท่องเที่ยวยอดนิยมเนื่องจากความงามตามธรรมชาติ ระบบนิเวศที่เป็นเอกลักษณ์ และสถานที่ท่องเที่ยวทางวัฒนธรรม พวกเขายังสามารถมีความสำคัญ ประหยัด ผลกระทบทางยุทธศาสตร์ที่สำคัญ โดยเฉพาะอย่างยิ่งสำหรับประเทศที่มีแนวชายฝั่งขนาดใหญ่หรือในภูมิภาคที่มีเส้นทางเดินเรือที่สำคัญ
เกาะที่ล้อมรอบญี่ปุ่นเป็นศูนย์กลางของข้อพิพาทด้านดินแดนหลายครั้ง
นั่นเป็นเพราะญี่ปุ่นอ้างสิทธิ์ในหมู่เกาะคูริลใต้ที่ควบคุมโดยรัสเซีย ซึ่งโตเกียวเรียกว่าดินแดนดังกล่าว ทางตอนเหนือ ซึ่งเป็นข้อพิพาทที่มีมาตั้งแต่สมัยสงครามโลกครั้งที่ 2 เมื่อกองทหารโซเวียตเข้ายึดพื้นที่ดังกล่าวจาก ญี่ปุ่น.
ญี่ปุ่นรายงานว่ามีการอ้างสิทธิ์ครั้งประวัติศาสตร์ในหมู่เกาะเซนกากุที่ไร้ผู้คนในทะเลจีนตะวันออก ซึ่งปัจจุบันจีนเป็นผู้บริหารจัดการ แต่จีนโต้แย้งซ้ำแล้วซ้ำเล่า
ญี่ปุ่นและเกาหลีใต้ยังคงติดอยู่ในข้อพิพาทยาวนานกว่า 70 ปีเกี่ยวกับอำนาจอธิปไตยของกลุ่ม เกาะเล็กเกาะน้อยที่เรียกว่า Dokdo โดยโซลและ Takeshima โดยโตเกียวในทะเลญี่ปุ่นซึ่งเกาหลีเรียกว่าทะเลแห่ง ทิศตะวันออก.
เกาะฮอนชูเป็นเกาะที่ใหญ่ที่สุดและมีประชากรมากที่สุดในบรรดาเกาะของญี่ปุ่น ซึ่งเป็นที่ตั้งของเมืองที่ใหญ่ที่สุดของประเทศ เช่น โตเกียว โอซาก้า และโยโกฮาม่า ฮอกไกโดซึ่งเป็นเกาะที่ใหญ่เป็นอันดับสองตั้งอยู่ทางทิศเหนือและขึ้นชื่อเรื่องทัศนียภาพทางธรรมชาติที่สวยงาม เช่น ภูเขา ทะเลสาบ และอุทยานแห่งชาติ
คิวชู เกาะที่ใหญ่เป็นอันดับสามตั้งอยู่ทางตะวันตกเฉียงใต้ของประเทศและเป็นที่ตั้งของเมืองใหญ่ เช่น ฟุกุโอกะและนางาซากิ ชิโกกุเป็นเกาะที่เล็กที่สุดในสี่เกาะหลัก ตั้งอยู่ทางตอนใต้ของเกาะฮอนชู และมีชื่อเสียงในด้านวัดพุทธและการแสวงบุญทางศาสนา
