หลังจากรัฐบาลของTomé de Sousa โปรตุเกสประสบปัญหาร้ายแรงในเมืองริโอเดจาเนโร การรุกรานของฝรั่งเศสและเป็นพันธมิตรกับชาวอินเดียนแดงในภูมิภาคนี้มีสัดส่วนที่สำคัญ กลายเป็นภัยคุกคามต่อการปกครองของโปรตุเกส ความสำเร็จหลักของผู้ว่าการ-นายพลคนที่สามของบราซิล Mem de Sá คือการขับไล่ฝรั่งเศสและการควบคุมสถานการณ์อย่างแม่นยำ
เมม เดอ ซา เข้ารับตำแหน่งรัฐบาลของอาณานิคมในปี ค.ศ. 1558 และปกครองต่อไปอีก 15 ปี สิ่งแรกที่เขาทำคือหลีกเลี่ยงสถานการณ์การรุกรานของฝรั่งเศส ในการโจมตีครั้งแรก Mem de Sá สามารถทำลายป้อมปราการ Coligny ได้ แต่ก็ไม่เพียงพอที่จะชนะการโต้แย้ง ดังนั้น ในวันที่ 1 มีนาคม ค.ศ. 1565 หลานชายของ Mem de Sá Estácio de Sá ได้ก่อตั้งเมืองเซาเซบาสเตียว ซึ่งต่อมาได้กลายเป็นฐานปฏิบัติการในการต่อสู้กับฝรั่งเศส ผลของคดีเกิดขึ้นด้วยความช่วยเหลือของกองกำลังทหารจากผู้ว่าการและจากภูมิภาคเซาวิเซนเต และจากชาวอินเดียเตมิมิโนสแห่งเอสปีริโต ซานตู ซึ่งเป็นไปได้ที่จะขับไล่ชาวต่างชาติออกไปโดยสิ้นเชิง
ในปี ค.ศ. 1563 คณะเยซูอิต José de Anchieta และ Manuel de Nóbrega สามารถสร้างสันติภาพระหว่างชาวอินเดีย Tamoio และชาวโปรตุเกสที่เรียกว่า Paz de Iperoig การสิ้นสุดของความขัดแย้งระหว่างชาว Tamoio Indian และชาวโปรตุเกสมีความสำคัญต่อการช่วยให้ Colégio de São Paulo อยู่รอดและความคงอยู่ของอาณานิคมในภูมิภาคนี้
แม้ว่า Mem de Sá จะประสบปัญหาร้ายแรง เช่น ความหิวโหยและไข้ทรพิษใน Bahia รัฐบาลของเขาก็มีความสงบสุขและความเจริญรุ่งเรือง ในปี ค.ศ. 1572 Mem de Sá ตัดสินใจออกจากรัฐบาลทั่วไปและกลับไปโปรตุเกส ในปีเดียวกันเขาเสียชีวิต หลังจากที่เขาเสียชีวิต บราซิลถูกแบ่งออกเป็นสองรัฐบาล: ทางเหนือซึ่งมีสำนักงานใหญ่ในซัลวาดอร์ และทางใต้ซึ่งมีสำนักงานใหญ่ในรีโอเดจาเนโร
ดูเพิ่มเติม!:
รัฐบาลของตูเม เดอ ซูซา
รัฐบาล Duarte da Costa
