Після уряду Томе де Соуза Португалія зіткнулася з серйозною проблемою в Ріо-де-Жанейро. Вторгнення французів та їх союз з індіанцями регіону зайняли значну частку, ставши загрозою для португальського правління. Головним досягненням третього генерал-губернатора Бразилії Мем де Са був якраз вигнання французів та контроль над ситуацією.
Мем де Са прийняв уряд колонії в 1558 році і продовжував правити протягом 15 років. Перше, що він зробив, це обійти ситуацію французького вторгнення. У першій атаці Мем де Са зумів зруйнувати форт Коліньї, проте цього було недостатньо, щоб виграти суперечку. Так, 1 березня 1565 р. Племінник Мем де Са, Естасіо де Са, заснував місто Сан-Себастьян, яке стало базою операцій у боротьбі з французами. Результат справи відбувся лише за допомогою військ губернатора та регіону Сан-Вісенте та індіанців теміміносців Еспіріту-Санту, де можна було остаточно вислати іноземців.
У 1563 р. Єзуїтам Хосе де Анхієта та Мануелю де Нобрезі вдалося встановити мир між індіанцями Тамойо та португальцями, так званим Пас де Іперойг. Кінець конфлікту між індіанцями Тамойо та португальцями був важливим для виживання Колегіо де Сан-Паулу та постійності колонізаторів у регіоні.
Хоча Мем де Са жив із серйозними проблемами, такими як голод та віспа в Баїї, його уряд відзначився відносним миром та процвітанням. У 1572 році Мем де Са вирішив залишити генеральний уряд і повернутися до Португалії. Того ж року він помер. Після його смерті Бразилія була розділена на два уряди: Північний із головним офісом у Сальвадорі та Південний із головним офісом у Ріо-де-Жанейро.
Побачити більше!:
Уряд Томе де Соуза
Уряд Дуарте-да-Коста