Након владе Томеа де Соусе, Португал се суочио са озбиљним проблемом у Рио де Јанеиру. Инвазија Француза и њихов савез са Индијанцима у региону заузели су значајан део, постајући претња португалској власти. Главно достигнуће трећег генералног гувернера Бразила, Мем де Са, било је управо протеривање Француза и контрола ситуације.
Мем де Са преузео је власт у колонији 1558. године и наставио да влада 15 година. Прво што је урадио било је да заобиђе ситуацију француске инвазије. У првом нападу, Мем де Са је успео да уништи тврђаву Цолигни, међутим то није било довољно за победу у спору. Тако је 1. марта 1565. нећак Мем де Са-а, Естацио де Са, основао град Сао Себастиао, који је постао база операција у борби против Француза. Исход случаја догодио се само уз помоћ трупа гувернера и из регије Сао Виценте и Индијанаца Темиминос из Еспирито Санто-а, где је било могуће коначно протерати странце.
1563. године, језуити Јосе де Анцхиета и Мануел де Нобрега успели су да успоставе мир између Тамоио Индијанаца и Португалаца, такозваног Паз де Ипероиг. Крај сукоба између Тамоио Индијанаца и Португалаца био је важан како би се омогућио опстанак Цолегио де Сао Пауло и трајност колонизатора у региону.
Иако је Мем де Са живео са озбиљним проблемима, попут глади и малих богиња у Бахији, његову владу обележили су релативни мир и просперитет. 1572. Мем де Са је одлучио да напусти генералну владу и врати се у Португал. Исте године је умро. Након његове смрти, Бразил је био подељен на две владе: северну са седиштем у Салвадору и јужну са седиштем у Рио де Жанеиру.
Види више!:
Влада Томе де Соузе
Влада Дуарте да Цоста
