Po vláde Tomé de Sousa čelilo Portugalsko v Riu de Janeiro vážnym problémom. Invázia Francúzov a ich spojenectvo s indiánmi v regióne mali značný podiel a stali sa hrozbou pre portugalskú vládu. Hlavným úspechom tretieho generálneho guvernéra Brazílie, Mem de Sá, bolo práve vylúčenie Francúzov a kontrola situácie.
Mem de Sá sa ujal vlády nad kolóniou v roku 1558 a naďalej vládol 15 rokov. Prvá vec, ktorú urobil, bolo obísť situáciu s francúzskymi inváziami. Pri prvom útoku sa Mem de Sá podarilo zničiť pevnosť Coligny, avšak na víťazstvo sporu to nestačilo. 1. marca 1565 teda synovec Mem de Sá, Estácio de Sá, založil mesto São Sebastião, ktoré sa stalo operačnou základňou v boji proti Francúzom. Výsledok prípadu sa uskutočnil iba pomocou vojsk guvernéra a regiónu São Vicente a indiánov Temiminos z Espírito Santo, kde bolo možné cudzincov definitívne vyhostiť.
V roku 1563 sa jezuitom Josému de Anchieta a Manuelovi Nóbrega podarilo nastoliť mier medzi indiánmi z Tamoia a Portugalcami, takzvaný Paz de Iperoig. Koniec konfliktu medzi indiánmi z Tamoia a Portugalcami bol dôležitý, aby umožnil prežitie Colégio de São Paulo a stálosť kolonizátorov v regióne.
Aj keď Mem de Sá žil v Bahii s vážnymi problémami, ako je hlad a kiahne, pre jeho vládu bol poznačený relatívny mier a prosperita. V roku 1572 sa Mem de Sá rozhodol opustiť vládu a vrátiť sa do Portugalska. V tom istom roku zomrel. Po jeho smrti bola Brazília rozdelená na dve vlády: severnú so sídlom v Salvadore a južnú so sídlom v Rio de Janeiro.
Pozrieť viac!:
Vláda Tome de Souza
Vláda Duarte da Costa