איים הם לרוב יעדי תיירות פופולריים בשל היופי הטבעי, המערכות האקולוגיות הייחודיות והאטרקציות התרבותיות שלהם. הם גם יכולים להיות חשובים חסכוני השפעה אסטרטגית משמעותית, בעיקר עבור מדינות עם קווי חוף גדולים או באזורים עם נתיבים ימיים חשובים.
האיים המקיפים את יפן עמדו במרכזם של כמה מחלוקות טריטוריאליות.
הסיבה לכך היא שיפן טוענת לאיי הקוריל הדרומיים בשליטה רוסית, שטוקיו מכנה הטריטוריות. של הצפון, מחלוקת שראשיתה בסוף מלחמת העולם השנייה, כאשר החיילים הסובייטים לקחו אותם מה- יפן.
יפן מדווחת שיש לה תביעה היסטורית לאיי סנקאקו הבלתי מיושבים בים סין המזרחי, שאותם היא מנהלת כיום, אך סין עוררה עליה שוב ושוב.
יפן ודרום קוריאה נותרו כלואים במחלוקת של יותר מ-70 שנה על ריבונותה של קבוצת איים הידועים כדוקדו על ידי סיאול וטאקשימה על ידי טוקיו בים יפן, אשר קוריאה מכנה ים של מזרח.
האי הונשו הוא הגדול והמאוכלס ביותר מבין האיים היפנים, ביתם של הערים הגדולות במדינה כמו טוקיו, אוסקה ויוקוהמה. הוקאידו, האי השני בגודלו, שוכן מצפון וידוע בנוף הטבעי היפה שלו, כולל הרים, אגמים ופארקים לאומיים.
קיושו, האי השלישי בגודלו, ממוקם בדרום מערב המדינה והוא ביתם של ערים מרכזיות כמו פוקואוקה ונגסאקי. שיקוקו הוא הקטן ביותר מבין ארבעת האיים המרכזיים, הממוקם דרומית להונשו ומפורסם במקדשים הבודהיסטים ובעלייה לרגל הדתית שלו.