După guvernul lui Tomé de Sousa, Portugalia s-a confruntat cu o problemă serioasă la Rio de Janeiro. Invazia francezilor și alianța lor cu indienii din regiune au luat o proporție semnificativă, devenind o amenințare pentru stăpânirea portugheză. Principala realizare a celui de-al treilea guvernator general al Braziliei, Mem de Sá, a fost tocmai expulzarea francezilor și controlul situației.
Mem de Sá a preluat guvernul coloniei în 1558 și a continuat să conducă timp de 15 ani. Primul lucru pe care l-a făcut a fost să ocolească situația invaziei franceze. Într-un prim atac, Mem de Sá a reușit să distrugă fortul Coligny, totuși nu a fost suficient pentru a câștiga disputa. Astfel, la 1 martie 1565, nepotul lui Mem de Sá, Estácio de Sá, a fondat orașul São Sebastião, care a devenit baza operațiunilor în lupta împotriva francezilor. Rezultatul cazului a avut loc numai cu ajutorul trupelor din guvernator și din regiunea São Vicente și din indienii Temiminos din Espírito Santo, unde a fost posibilă expulzarea definitivă a străinilor.
În 1563, iezuiții José de Anchieta și Manuel de Nóbrega au reușit să stabilească o pace între indienii Tamoio și portughezi, așa-numitul Paz de Iperoig. Sfârșitul conflictului dintre indienii Tamoio și portughezi a fost important pentru a permite supraviețuirea Colégio de São Paulo și permanența colonizatorilor în regiune.
Deși Mem de Sá a trăit cu probleme grave, cum ar fi foamea și variola în Bahia, guvernul său a fost marcat de pace și prosperitate relative. În 1572, Mem de Sá a decis să părăsească guvernul general și să se întoarcă în Portugalia. În același an, a murit. După moartea sa, Brazilia a fost împărțită în două guverne: nordul, cu sediul în Salvador, și sudul, cu sediul în Rio de Janeiro.
Vezi mai mult!:
Guvernul Tome de Souza
Guvernul Duarte da Costa
