Maar hoe herken je de positie van de fragmenten? Hiervoor is het nodig om een "sonde" te gebruiken, dat wil zeggen een klein stukje DNA gelabeld met een radioactieve isotoop of met een radicaal dat onder bepaalde omstandigheden licht uitzendt. Omdat het ook een DNA-fragment is, bevat de probe een sequentie die een aanvulling vormt op slechts één type invariante sequentie die al bekend is in het bestudeerde fragment, wat de binding van beide mogelijk zal maken.
Met behulp van fotografische film wordt de positie van de sonde en dus van het fragment ontdekt. In het geval van single-site sites - die maar één keer voorkomen in het hele genoom - zijn er altijd twee "allelen", omdat cellen (behalve reproductieve) één paar van elk chromosoom hebben. Omdat de allelen dezelfde basissequentie en verschillende groottes hebben, zal een probe die complementair is aan die sequentie aan beide binden en zullen ze op verschillende posities op de fotografische film verschijnen. Alle mensen krijgen één van deze allelen van de moeder en één van de vader.
Daarom is het in de vaderschapstest voldoende om de allelen van de moeder, haar kind (a) en de vermeende vader te vergelijken, en het samenvallen van het vaderlijke allel van het kind met een allel van de veronderstelde vader zal het vaderschap bevestigen "biologisch". Als u alleen de identiteit van een persoon (bijvoorbeeld een crimineel) wilt onderzoeken, moet u: vergelijk het polymorfismepatroon van DNA-monsters verkregen op de plaats delict met de patronen van verschillende verdachten.
Synthese van DNA-fragmenten
Om het polymorfisme te detecteren, worden primers gebruikt die gebieden van het DNA flankeren waar nucleotideherhalingen zijn (in groepen van twee, drie of meer). Dit betekent dat dergelijke primers de synthese van de nieuwe strengen afbakenen tot het stuk met de herhalingen, gelokaliseerd tussen de plaatsen waaraan ze binden. Dergelijke herhalingen worden STR (Short Tandem Repeats, of "korte herhalingen in serie") genoemd, en de regio's waar ze worden gevonden, staan bekend als "microsatellieten".
mitochondriaal DNA
Naast genomisch DNA, aanwezig in de celkern, is er ook DNA in mitochondriën, organellen die zich in het cytoplasma bevinden. Dit DNA is veel kleiner dan nucleair en heeft een cirkelvormige structuur, waardoor het meer op dat van bacteriën lijkt.
In de context van forensische analyse ontstond om verschillende redenen interesse in mitochondriaal DNA: ten eerste bevat dit DNA ook polymorfe regio's die de individualisering ervan mogelijk maken; ten tweede ontvangen afstammelingen dit DNA alleen van de moeder, wat het mogelijk maakt om iemands moederlijke afstamming te traceren; en ten derde is dit DNA beter bestand tegen afbraak dan nucleair DNA. Zo wordt bij grote rampen (branden, explosies, vliegtuigcrashes, enz.), wanneer het moeilijker is om de lichamen te identificeren, het mitochondriaal DNA geanalyseerd. Dit wordt geëxtraheerd uit de overblijfselen en de sequentie van belang wordt vergeleken met sequenties die zijn verkregen van broers en zussen of voorouders van moederszijde.
Mate van betrouwbaarheid van DNA-testen
Een punt dat tot intense discussies heeft geleid tussen laboratoria en DNA-testbureaus, is het aantal polymorfe loci dat nodig is om op betrouwbare wijze identiteit en vaderschap vast te stellen. De index die wordt gebruikt voor de conclusies, zowel over de identiteit van een persoon als over het vaderschap, is afhankelijk van het aantal geanalyseerde loci. Om tot een adequate index te komen, moet echter rekening worden gehouden met de frequentie van de allelen in de populatie: als ze veel voorkomen, zullen de resultaten van de analyses op zijn zachtst gezegd twijfelachtig zijn.
Bloedgroepen (A, B, O en AB) kunnen als voorbeeld worden gebruikt. Dergelijke groepen, die afhankelijk zijn van de combinatie van allelen, zijn verspreid in populaties over de hele wereld met bekende frequenties. In Duitsland heeft 46% tot 48% type A-bloed. In Centraal Eurazië, India, Mongolië en Siberië heerst type B. In geen van deze regio's zouden deze bloedgroepen daarom afzonderlijk kunnen worden gebruikt om een individu te identificeren, omdat een groot percentage van de bevolking het een of het ander zou hebben. Het is belangrijk dat de onderzochte allelen zeldzaam zijn.
In het geval van DNA-polymorfismen (RFLP's) zijn de frequenties veel lager. Laten we ons als voorbeeld een vaderschapsgeschil voorstellen in Rio de Janeiro waar de D10S28-locus wordt gebruikt als een sonde, waardoor in de veronderstelde vader een allel kan worden verkregen dat voorkomt bij ongeveer 2,8% van de bevolking van Rio de Janeiro. Deze waarde is erg hoog als we bedenken dat de stad ongeveer 8 miljoen inwoners telt. Om deze waarde te verminderen, is het noodzakelijk om naar andere loci in dezelfde persoon te zoeken. Stel dat een tweede analyse, met behulp van de D2S44-locus, een allel aan het licht bracht met een frequentie van 7,28%, een percentage dat aangeeft dat 582.000 mensen in Rio de Janeiro met dit allel bestaan.
Maar hoeveel individuen zouden beide allelen hebben? Slechts 16.307. Dit getal wordt verkregen door de inverse van de twee frequenties te vermenigvuldigen: 2,8/100 x 7,28/100 x 8 miljoen. Met nog een loc geeft de analyse een andere frequentie aan, waardoor je het percentage nog verder kunt verlagen. In de praktijk genereert het gebruik van vijf tot zeven sondes een waarde die laag genoeg is om het resultaat overtuigend te laten zijn.
Bron: Brazilië School - https://brasilescola.uol.com.br/biologia/sintese-fragmentos-dna.htm