Pero, ¿cómo reconocer la posición de los fragmentos? Para ello es necesario utilizar una “sonda”, es decir, un pequeño fragmento de ADN marcado con un isótopo radiactivo o con un radical que emite luz en determinadas condiciones. Al ser también un fragmento de ADN, la sonda contiene una secuencia que complementa solo un tipo de secuencia invariante ya conocida presente en el fragmento en estudio, lo que permitirá la unión de ambos.
Con el uso de película fotográfica se descubre la posición de la sonda y, por tanto, del fragmento. En el caso de los sitios de un solo sitio, que solo ocurren una vez en todo el genoma, siempre hay dos "alelos", porque las células (excepto las reproductoras) tienen un par de cada cromosoma. Como los alelos tienen la misma secuencia básica y diferentes tamaños, una sonda complementaria a esa secuencia se unirá a ambos y aparecerán en diferentes posiciones en la película fotográfica. Todas las personas reciben uno de estos alelos de la madre y otro del padre.
Por tanto, en la prueba de paternidad, basta comparar los alelos de la madre, su hijo (a) y el supuesto padre, y la coincidencia del alelo paterno del niño con un alelo del supuesto padre confirmará la paternidad "biológico". Cuando solo desea investigar la identidad de una persona (un delincuente, por ejemplo), debe comparar el patrón de polimorfismo de las muestras de ADN obtenidas en la escena del crimen con los patrones de varios sospechosos.
Síntesis de fragmentos de ADN
Para detectar el polimorfismo, se utilizan cebadores que flanquean regiones del ADN donde hay repeticiones de nucleótidos (en grupos de dos, tres o más). Esto significa que dichos cebadores delimitan la síntesis de las nuevas hebras al tramo con las repeticiones, ubicadas entre los sitios a los que se unen. Estas repeticiones se denominan STR (repeticiones cortas en tándem, o "repeticiones cortas en serie"), y las regiones donde se encuentran se conocen como "microsatélites".
ADN mitocondrial
Además del ADN genómico, presente en el núcleo de las células, también hay ADN en las mitocondrias, orgánulos ubicados en el citoplasma. Este ADN es mucho más pequeño que el nuclear y tiene una estructura circular, lo que lo hace más parecido al de las bacterias.
En el contexto del análisis forense, el interés por el ADN mitocondrial surgió por varias razones: primero, este ADN también contiene regiones polimórficas que permiten su individualización; en segundo lugar, los descendientes reciben este ADN solo de la madre, lo que permite rastrear el linaje materno de una persona; y tercero, este ADN es más resistente a la degradación que el ADN nuclear. Así, en grandes desastres (incendios, explosiones, accidentes aéreos, etc.), cuando es más difícil identificar los cuerpos, se analiza el ADN mitocondrial. Se extrae de los restos y se compara la secuencia de interés con secuencias obtenidas de hermanos o antepasados maternos.
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Grado de confianza de las pruebas de ADN
Un punto que ha generado una intensa discusión entre los laboratorios y las agencias de pruebas de ADN es la cantidad de loci polimórficos necesarios para establecer de manera confiable la identidad y la paternidad. El índice utilizado para las conclusiones, tanto sobre la identidad de una persona como sobre la paternidad, depende del número de loci analizados. Para llegar a un índice adecuado, sin embargo, es necesario tener en cuenta la frecuencia de los alelos en la población: si son muy comunes, los resultados de los análisis serán, al menos, dudosos.
Los grupos sanguíneos (A, B, O y AB) se pueden usar como ejemplo. Dichos grupos, que dependen de la combinación de alelos, se distribuyen en poblaciones de todo el mundo con frecuencias conocidas. En Alemania, del 46% al 48% tiene sangre tipo A. En Eurasia central, India, Mongolia y Siberia, prevalece el tipo B. En ninguna de estas regiones, por lo tanto, estos grupos sanguíneos podrían usarse de forma aislada para identificar a un individuo, porque un gran porcentaje de la población tendría uno u otro. Es importante que los alelos investigados sean raros.
En el caso de los polimorfismos de ADN (RFLP), las frecuencias son mucho más bajas. Como ejemplo, imaginemos una disputa de paternidad en Río de Janeiro donde se usa el locus D10S28 como sonda, permitiendo obtener, en el supuesto padre, un alelo que ocurre en aproximadamente el 2.8% de la población de Río de Janeiro. Este valor es muy elevado si tenemos en cuenta que la población de la ciudad ronda los 8 millones de habitantes. Para reducir este valor, es necesario buscar otros loci en el mismo individuo. Imaginemos que un segundo análisis, utilizando el locus D2S44, reveló un alelo con una frecuencia del 7,28%, porcentaje que indica la existencia de 582.000 personas en Río de Janeiro con este alelo.
Pero, ¿cuántos individuos tendrían ambos alelos? Solo 16.307. Este número se obtiene multiplicando la inversa de las dos frecuencias: 2.8 / 100 x 7.28 / 100 x 8 millones. Usando una locomotora más, el análisis indicará otra frecuencia, lo que le permitirá reducir aún más el porcentaje. En la práctica, el uso de cinco a siete sondas genera un valor lo suficientemente bajo como para que el resultado sea concluyente.
