Nach der Regierung von Tomé de Sousa stand Portugal in Rio de Janeiro vor einem ernsthaften Problem. Die Invasion der Franzosen und ihr Bündnis mit den Indianern der Region nahm einen erheblichen Anteil ein und wurde zu einer Bedrohung für die portugiesische Herrschaft. Die Hauptleistung des dritten Generalgouverneurs von Brasilien, Mem de Sá, war gerade die Vertreibung der Franzosen und die Kontrolle der Lage.
Mem de Sá übernahm 1558 die Regierung der Kolonie und regierte 15 Jahre lang. Das erste, was er tat, war, die französische Invasionssituation zu umgehen. In einem ersten Angriff gelang es Mem de Sá, die Festung Coligny zu zerstören, was jedoch nicht ausreichte, um den Streit zu gewinnen. So gründete der Neffe von Mem de Sá, Estácio de Sá, am 1. März 1565 die Stadt São Sebastião, die zur Operationsbasis im Kampf gegen die Franzosen wurde. Der Ausgang des Verfahrens erfolgte nur mit Hilfe von Truppen des Gouverneurs und der Region São Vicente sowie der Temiminos-Indianer von Espírito Santo, wo die Ausländer endgültig ausgewiesen werden konnten.
1563 gelang es den Jesuiten José de Anchieta und Manuel de Nóbrega, einen Frieden zwischen den Tamoio-Indianern und den Portugiesen, dem sogenannten Paz de Iperoig, zu schließen. Das Ende des Konflikts zwischen den Tamoio-Indianern und den Portugiesen war wichtig, um das Überleben des Colégio de São Paulo und die Beständigkeit der Kolonisatoren in der Region zu ermöglichen.
Obwohl Mem de Sá mit ernsthaften Problemen wie Hunger und Pocken in Bahia lebte, war seine Regierung von relativem Frieden und Wohlstand geprägt. 1572 beschloss Mem de Sá, das Generalgouvernement zu verlassen und nach Portugal zurückzukehren. Im selben Jahr starb er. Nach seinem Tod wurde Brasilien in zwei Regierungen geteilt: den Norden mit Sitz in Salvador und den Süden mit Sitz in Rio de Janeiro.
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