Tome de Sousa hükümetinin ardından Portekiz, Rio de Janeiro'da ciddi bir sorunla karşı karşıya kaldı. Fransızların işgali ve bölgedeki Kızılderililerle ittifakları önemli bir oranda aldı ve Portekiz yönetimine tehdit haline geldi. Brezilya'nın üçüncü genel valisi Mem de Sá'nın ana başarısı, tam olarak Fransızların sınır dışı edilmesi ve durumun kontrolü idi.
Mem de Sá, 1558'de koloninin yönetimini üstlendi ve 15 yıl boyunca hüküm sürmeye devam etti. Yaptığı ilk şey, Fransız işgali durumunu atlatmak oldu. İlk saldırıda, Mem de Sá Coligny kalesini yok etmeyi başardı, ancak anlaşmazlığı kazanmak için yeterli değildi. Böylece, 1 Mart 1565'te Mem de Sá'nın yeğeni Estácio de Sá, Fransızlara karşı mücadelede operasyonların üssü haline gelen São Sebastiao şehrini kurdu. Davanın sonucu ancak validen ve São Vicente bölgesinden ve yabancıları kesin olarak sınır dışı etmenin mümkün olduğu Espírito Santo'nun Temimios Kızılderililerinden gelen birliklerin yardımıyla gerçekleşti.
1563'te Cizvitler José de Anchieta ve Manuel de Nóbrega, Tamoio Kızılderilileri ile Paz de Iperoig denilen Portekizliler arasında bir barış kurmayı başardılar. Tamoio Kızılderilileri ve Portekizliler arasındaki çatışmanın sona ermesi, Colégio de São Paulo'nun hayatta kalmasına ve bölgedeki sömürgecilerin kalıcılığına izin vermek için önemliydi.
Mem de Sá, Bahia'da açlık ve çiçek hastalığı gibi ciddi sorunlarla yaşamış olsa da, hükümetine görece barış ve refah damgasını vurdu. 1572'de Mem de Sá genel hükümetten ayrılmaya ve Portekiz'e dönmeye karar verdi. Aynı yıl içinde öldü. Ölümünden sonra Brezilya iki hükümete bölündü: merkezi Salvador'da olan Kuzey ve merkezi Rio de Janeiro'da olan Güney.
Daha fazla gör!:
Tome de Souza Hükümeti
Duarte da Costa Hükümeti