トメ・デ・ソウザ政権後、ポルトガルはリオデジャネイロで深刻な問題に直面しました。 フランス人の侵略とこの地域のインディアンとの同盟はかなりの割合を占め、ポルトガルの支配に対する脅威となった。 ブラジルの第3総督、メン・デ・サーの主な成果は、まさにフランス人の追放と状況の管理でした。
メンデサーは1558年に植民地の政府に就任し、15年間統治を続けました。 彼が最初にしたことは、フランスの侵略状況を回避することでした。 最初の攻撃で、メン・デ・サーはなんとかコリニー砦を破壊しましたが、論争に勝つには十分ではありませんでした。 したがって、1565年3月1日、メン・デ・サーの甥であるエスタシオ・デ・サーは、フランスとの戦いの拠点となったサン・セバスチアン市を設立しました。 事件の結果は、知事、サンビセンテ地域、エスピリトサントのテミミノスインディアンからの軍隊の助けを借りてのみ起こりました。そこでは、外国人を確実に追放することができました。
1563年、イエズス会のホセデアンキエタとマヌエルデノブレガは、タモイオインディアンとポルトガル人、いわゆるパスデイペロイグの間に平和を確立することに成功しました。 タモイオインディアンとポルトガル人の間の紛争の終結は、サンパウロのコレジオデサンパウロの存続とこの地域の植民者の永続性を可能にするために重要でした。
メン・デ・サーはバイーア州で飢餓や天然痘などの深刻な問題を抱えて暮らしてきましたが、彼の政府は比較的平和で繁栄していました。 1572年、メン・デ・サーは総督府を離れてポルトガルに戻ることを決定しました。 同じ年に、彼は亡くなりました。 彼の死後、ブラジルは2つの政府に分割されました。1つはサルバドールに本部を置く北、もう1つはリオデジャネイロに本部を置く南です。
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