לאחר ממשלתו של טומה דה סוזה, פורטוגל התמודדה עם בעיה רצינית בריו דה ז'ניירו. הפלישה לצרפתים ובריתם עם האינדיאנים של האזור לקחו חלק משמעותי והפכו לאיום על השלטון הפורטוגלי. ההישג העיקרי של המושל הכללי השלישי של ברזיל, מם דה סאה, היה בדיוק גירוש הצרפתים והשליטה במצב.
מם דה סא לקח על עצמו את ממשלת המושבה בשנת 1558 והמשיך לשלוט במשך 15 שנה. הדבר הראשון שהוא עשה היה לעקוף את מצב הפלישה הצרפתית. בהתקפה ראשונה הצליח מם דה סה להשמיד את מבצר קוליני, אולם זה לא הספיק כדי לנצח בסכסוך. כך, ב- 1 במרץ 1565, אחיינו של מם דה סא, אסטסיו דה סא, ייסד את העיר סאו סבסטיאו, שהפכה לבסיס הפעולות במאבק נגד הצרפתים. תוצאת המקרה התרחשה רק בעזרת כוחות מהמושל ומאזור סאו ויסנטה ומהאינדיאנים של טמימינוס מאספיריטו סנטו, שם ניתן היה לגרש את הזרים סופית.
בשנת 1563 הצליחו הישועים חוסה דה אנצ'יטה ומנואל דה נוברגה לכונן שלום בין האינדיאנים של טמויו לפורטוגלים, מה שמכונה פז דה איפרויג. סופו של הסכסוך בין האינדיאנים של טאמויו לפורטוגלים היה חשוב בכדי לאפשר את הישרדותו של הקולג'יו דה סאו פאולו ואת קביעותם של המתיישבים באזור.
למרות שממ דה סא חי עם בעיות קשות, כמו רעב ואבעבועות שחורות בבאהיה, ממשלתו התאפיינה בשלווה ובשגשוג יחסי. בשנת 1572 החליט מם דה סא לעזוב את השלטון הכללי ולחזור לפורטוגל. באותה שנה הוא נפטר. לאחר מותו, ברזיל חולקה לשתי ממשלות: הצפון, שמטה המטה בסלבדור, והדרום, שמטה המטה בריו דה ז'ניירו.
ראה עוד!:
ממשלת טומה דה סוזה
ממשלת דוארטה דה קוסטה