יש כמה יחסים אקולוגיים הוקמה על ידי יצורים חיים, שיתוף פעולה פרוטוקולי הוא אחד מהם. מערכת היחסים הזו אינו חובה ומעדיף את כל האנשים המעורבים., שהם ממינים שונים. אנו אומרים אם כן שזה א קשר הרמוני בין-ספציפי.
מכיוון שלא מדובר בקשר חובה, אדם יכול לחיות ללא האחר, בניגוד ליחסים המכונים הדדיות. במערכת יחסים זו, ישויות, גם מסוגים שונים, מתקשרות, אולם קשר זה הוא קבוע, האחת אינה יכולה לחיות בלעדיהן. דוגמה אחת לכך היא חזזית שנוצרת על ידי אצות ופטריות, אולם אורגניזמים אלה אינם יכולים לחיות לבד במקום זה.
נצפה באנטילופה מכוסה הציפורים הניזונה מקרציות של יונק זה.
אחד דוגמה קלאסית לשיתוף פעולה פרוטוקולי מתרחש בין שור והאנו, סוג של ציפור. האנוס אוכל את קרציות השור ובכך מקבל אוכל. גם השור, בתורו, נהנה מכיוון שהוא נפטר מהקרציה. שים לב שהיחסים מועילים לשני היצורים, אולם אחד יכול לחיות בקלות ללא האחר. השור יכול לחיות בלי האנאו, והאנו יכול להאכיל ממשהו אחר.
אַחֵר דוגמא המצוטט בדרך כלל הוא הרמיטאז 'והכלנית, סוג של קנדירית. סרטן הנזיר הוא זן סרטן שיש לו בטן רכה, ולכן, מקלט בתוך קונכיות שהוא מוצא בדרכו. לעתים קרובות יש בקונכיות אלו כלניות, שבסופו של דבר נלקחות גם על ידי סרטן הנזיר.
שימו לב לכלנית על קליפת הסרטן
במערכת יחסים זו, שניהם נהנים מכיוון שהכלנית מגינה על סרטן הנזיר מפני התקפות, מכיוון שיש בגופה חומרים צורבים לייצר כוויות על טורפים, וסרטן הנזיר, בתורו, מסייע לכלנית, המועברת למקומות אחרים, מה שמקל על לכידת מזון.
אַחֵר דוגמא של פעולה פרוטוקולית ניתן לראות בקרב תנין ועוף הקיסם. באינטראקציה זו, הציפור אוכלת את שאריות המזון שנמצאות בתוך פיו של התנין, וכך מקבל אוכל. התנין, בתורו, נקי מהמטרד ומונע התפשטות כמות גדולה של חיידקים בפיו. מחברים רבים ראו באינטראקציה זו דרך קומנסליזם עד שהבינו ששניהם מרוויחים.
חָשׁוּב: פרוטוקופרציה נקראת גם על ידי כמה מחברים בשם הדדיות אופציונאלי. אולם אחרים מעדיפים לשקול כמערכת הדדיות רק את היחסים שבהם אורגניזם אחד תלוי באחר.
