Setelah pemerintahan Tomé de Sousa, Portugal menghadapi masalah serius di Rio de Janeiro. Invasi Prancis dan aliansi mereka dengan orang India di wilayah itu mengambil proporsi yang signifikan, menjadi ancaman bagi kekuasaan Portugis. Prestasi utama gubernur jenderal ketiga Brasil, Mem de Sá, justru pengusiran Prancis dan penguasaan situasi.
Mem de Sá mengambil alih pemerintahan koloni pada tahun 1558 dan terus memerintah selama 15 tahun. Hal pertama yang dia lakukan adalah menyiasati situasi invasi Prancis. Dalam serangan pertama, Mem de Sá berhasil menghancurkan benteng Coligny, namun itu tidak cukup untuk memenangkan perselisihan. Maka, pada 1 Maret 1565, keponakan Mem de Sá, Estácio de Sá, mendirikan kota São Sebastião, yang menjadi basis operasi dalam perang melawan Prancis. Hasil dari kasus tersebut terjadi hanya dengan bantuan pasukan dari gubernur dan dari wilayah São Vicente dan dari orang Indian Temiminos di Espírito Santo, di mana dimungkinkan untuk mengusir orang asing secara definitif.
Pada tahun 1563, Jesuit José de Anchieta dan Manuel de Nóbrega berhasil membangun perdamaian antara orang Indian Tamoio dan orang Portugis, yang disebut Paz de Iperoig. Berakhirnya konflik antara Indian Tamoio dan Portugis penting untuk memungkinkan kelangsungan hidup Colégio de São Paulo dan keabadian penjajah di wilayah tersebut.
Meskipun Mem de Sá telah hidup dengan masalah serius, seperti kelaparan dan cacar di Bahia, pemerintahannya ditandai dengan perdamaian dan kemakmuran yang relatif. Pada tahun 1572, Mem de Sá memutuskan untuk meninggalkan pemerintahan umum dan kembali ke Portugal. Pada tahun yang sama, dia meninggal. Setelah kematiannya, Brasil dibagi menjadi dua pemerintahan: Utara, yang bermarkas di Salvador, dan Selatan, yang bermarkas di Rio de Janeiro.
Lihat lebih banyak!:
Pemerintah Tome de Souza
Pemerintah Duarte da Costa
