Tomé de Sousa kormánya után Portugália komoly problémával szembesült Rio de Janeiróban. A franciák inváziója és a régió indiánjaival való szövetségük jelentős részt vett, veszélyt jelentve a portugál uralomra. Brazília harmadik főkormányzójának, Mem de Sának a fő eredménye pontosan a franciák kiűzése és a helyzet ellenőrzése volt.
Mem de Sá 1558-ban vállalta a gyarmat kormányzását, és 15 évig folytatta az irányítást. Az első dolog az volt, hogy megkerülte a francia inváziós helyzetet. Az első támadás során Mem de Sának sikerült elpusztítania a Coligny erődöt, azonban ez nem volt elég a vita megnyeréséhez. Így 1565. március 1-jén Mem de Sá unokaöccse, Estácio de Sá megalapította São Sebastião városát, amely a franciák elleni harc működésének bázisává vált. Az ügy kimenetele csak a kormányzó és a São Vicente régió, valamint az Espírito Santo Temiminos indiánok csapatai segítségével valósult meg, ahol a külföldiek végleges kiutasítására volt lehetőség.
1563-ban a José de Anchieta és Manuel de Nóbrega jezsuitáknak sikerült békét teremteniük a tamói indiánok és a portugálok között, az úgynevezett Paz de Iperoig között. A tamioi indiánok és a portugálok közötti konfliktus vége fontos volt, hogy lehetővé tegye a Colégio de São Paulo fennmaradását és a gyarmatosítók állandóságát a régióban.
Bár Mem de Sá súlyos problémákkal élt, például éhséggel és himlővel Bahiában, kormányát viszonylagos béke és jólét jellemezte. 1572-ben Mem de Sá úgy döntött, hogy elhagyja az államháztartást és visszatér Portugáliába. Ugyanebben az évben meghalt. Halála után Brazília két kormányra oszlott: Északra, amelynek székhelye Salvadorban, és Délre, Rio de Janeiróban.
Többet látni!:
Tome de Souza kormánya
Duarte da Costa kormánya
