Tomé de Sousan hallituksen jälkeen Portugalilla oli vakava ongelma Rio de Janeirossa. Ranskalaisten hyökkäys ja heidän liittoutumansa alueen intiaanien kanssa otti merkittävän osan, josta tuli uhka Portugalin hallitukselle. Brasilian kolmannen kenraalikuvernöörin, Mem de Sán, tärkein saavutus oli nimenomaan ranskalaisten karkottaminen ja tilanteen hallinta.
Mem de Sá otti siirtokunnan hallituksen vuonna 1558 ja jatkoi hallintaa 15 vuoden ajan. Ensimmäinen asia, jonka hän teki, oli kiertää Ranskan hyökkäystilanne. Ensimmäisessä hyökkäyksessä Mem de Sá onnistui tuhoamaan Colignyn linnoituksen, mutta se ei riittänyt voittamaan riitaa. Niinpä Mem de Sán veljenpoika Estácio de Sá perusti 1. maaliskuuta 1565 São Sebastiãon kaupungin, josta tuli ranskalaisten taistelun toiminnan perusta. Tapauksen lopputulos tapahtui vain kuvernöörin, São Vicenten alueen ja Espírito Santon Temiminos-intiaanien joukkojen avulla, missä ulkomaalaisia oli mahdollista karkottaa lopullisesti.
Vuonna 1563 jesuiitat José de Anchieta ja Manuel de Nóbrega onnistuivat luomaan rauhan Tamoio-intiaanien ja portugalilaisten välillä, niin sanotun Paz de Iperoigin. Tamoion intiaanien ja portugalilaisten välisen konfliktin loppu oli tärkeä, jotta Colégio de São Paulo säilyisi hengissä ja siirtomaiden pysyvyys alueella.
Vaikka Mem de Sá on kokenut vakavia ongelmia, kuten nälkä ja isorokko Bahiassa, hänen hallitukselleen leimasi suhteellinen rauha ja vauraus. Vuonna 1572 Mem de Sá päätti jättää julkisyhteisöt ja palata Portugaliin. Samana vuonna hän kuoli. Hänen kuolemansa jälkeen Brasilia jaettiin kahteen hallitukseen: pohjoiseen, jonka pääkonttori sijaitsee Salvadorissa, ja etelään, jonka pääkonttori sijaitsee Rio de Janeirossa.
Katso lisää!:
Tome de Souzan hallitus
Duarte da Costan hallitus
