Pärast Tomé de Sousa valitsust seisis Portugal Rio de Janeiros tõsise probleemiga silmitsi. Märkimisväärse osa võttis prantslaste sissetung ja nende liit indiaanlastega, muutudes ohuks Portugali võimule. Brasiilia kolmanda kindralkuberneri Mem de Sá peamine saavutus oli just prantslaste väljasaatmine ja olukorra kontroll.
Mem de Sá asus koloonia valitsuse ametisse 1558. aastal ja jätkas valitsemist 15 aastat. Esimene asi, mida ta tegi, oli Prantsuse sissetungi olukorrast mööda saamine. Esimese rünnaku käigus suutis Mem de Sá Fort Coligny hävitada, kuid vaidluse võitmiseks ei piisanud sellest. Nii rajas Mem de Sá vennapoeg Estácio de Sá 1. märtsil 1565 São Sebastião linna, millest sai prantslaste vastu võitlemise operatsioonide baas. Juhtumi tulemus leidis aset ainult kuberneri ja São Vicente piirkonna ning Espírito Santo Temiminose indiaanlaste vägede abiga, kus oli võimalik välismaalasi lõplikult välja saata.
1563. aastal õnnestus jesuiitidel José de Anchietal ja Manuel de Nóbregal luua rahu Tamoio indiaanlaste ja portugallaste, nn Paz de Iperoigi vahel. Tamoio indiaanlaste ja portugallaste vahelise konflikti lõpp oli oluline, et võimaldada Colégio de São Paulo püsimajäämist ja kolonisaatorite püsivust piirkonnas.
Kuigi Mem de Sá on Bahias elanud tõsiste probleemidega, nagu nälg ja rõuged, iseloomustas tema valitsust suhteline rahu ja õitseng. 1572. aastal otsustas Mem de Sá valitsusest lahkuda ja naasta Portugali. Samal aastal ta suri. Pärast tema surma jagunes Brasiilia kaheks valitsuseks: Põhja, mille peakontor asub Salvadoris, ja Lõuna, mille peakorter asub Rio de Janeiros.
Näe rohkem!:
Tome de Souza valitsus
Duarte da Costa valitsus